Para colocar em prática tudo o que aprendem na sala de aula, os estudantes de Medicina e Enfermagem da FAMERP contam com uma das mais completas instituições médicas do país: o Hospital de Base.
          Administrado pela Fundação Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto - uma entidade privada - o Hospital de Base é um complexo médico-assistencial e hospitalar indispensável para o atendimento à população de uma região com 99 municípios, estimada  em 1 milhão  e meio de habitantes. Com um corpo docente altamente qualificado, os estudantes podem unir teoria e prática para tratar os pacientes.
          O hospital-escola da FAMERP possui 540 leitos, sendo 77 destinados às UTI´s, e seus 2.300 profissionais atendem em média 2.700 internações mensais e fazem 1.600 cirurgias por mês, sendo algumas de alta complexidade, como transplante de rim, fígado, medula óssea e córneas, cirurgia cardíaca, além de outras. É o único hospital de referência no tratamento de Aids na região de Rio Preto.
          Nos serviços médicos prestados pelo Hospital  de Base incluem-se também diversos exames especializados e de alta complexidade, como angiografia  e aortografia, tomografia computadorizada, densitometria óssea e eletroneuromiografia.
          O Hospital de Base possui ainda uma das maiores emergências do interior paulista, inaugurada em 1997, com um atendimento mensal de 10 mil  pacientes. No ambulatório são realizadas 75 mil consultas por mês em mais de 44 especialidades médicas.
          A instituição possui ainda serviços de fisioterapia, terapia ocupacional, fonoaudiologia, nutrição, psicologia e assistência social.
          Também oferece atendimento a grupos de glaucoma, diabetes, planejamento familiar, hipertensão e obesidade, além de tratamento de acupuntura - sendo, a rigor, a primeira faculdade do interior paulista a ter essa disciplina em sua grade curricular.
          Num sistema hierarquizado, os serviços do Hospital de Base estão também integrados ao atendimento feito nos postos de saúde e no Pronto-Socorro Municipal. Nos ambulatórios, a atenção médica é acompanhada do atendimento de assistentes sociais e enfermeiros, e da realização de exames complementares.